Prototype — динамичный экшн в открытом мире: вы — Алекс Мерсер, просыпающийся без воспоминаний, но с возможностью менять форму тела. Исследуйте заражённый Нью-Йорк, раскрывайте тайны своего прошлого и противостоите военным силам и мутантам. Преобразуйте конечности в когти, лезвия, молоты и кнуты, наденьте броню или щит для выживания в схватках. Бегайте по небоскрёбам, перепрыгивайте крыши и мчитесь по улицам с выдающейся скоростью и манёвренностью. Пожирайте NPC, чтобы перенимать их облик, воспоминания и умения — это ключ к скрытному проникновению и охоте на цели.